Die erste Orgel in der Heilig-Geist-Kirche entstand 1938, acht Jahre nach der Einweihung der Kirche. Dieses Instrument der Fa. Sauer, Frankfurt/M. wurde bei einem Kirchenbrand im Jahr 1950 stark beschädigt und im darauf folgenden Jahr renoviert.
Die heutige Orgel der Heilig-Geist-Kirche wurde 1969 von der Orgelbaufirma v. Beckerath gebaut. Einige Register der ursprünglichen Orgel wurden in das neue Werk übernommen.
2003 und zuletzt 2019 wurde das Instrument durch die Firma Erbslöh grundlegend überholt. Dabei wurden das Orgelgehäuse renoviert, die Mechanik überholt und sämtliche ca. 1200 Pfeifen ausgebaut, gereinigt und nachintoniert. So konnte die ursprüngliche Klangkraft und -schönheit der Orgel wieder hergestellt werden. 2008 wurde das Hauptwerk um ein weiteres Register ( Trompete 8’ ) ergänzt. Nun verfügt die Orgel über 22 Register auf 2 Manualen. Die Spieltraktur ist mechanisch.
Dank zahlreicher Spenden konnte im Jahr 2009 eine schon lange benötigte Truhenorgel erworben werden. Das Instrument mit 4 Registern und einer Transponiervorrichtung für 440Hz – 415 Hz wurde von der niederländischen Orgelbaufirma Elbertse erbaut und überzeugt mit seiner auf den Raum der Wohltorfer Kirche abgestimmten Intonation durch präsenten, aber nie vordergründigen Wohlklang.
Eingesetzt wird die Truhenorgel als Begleitinstrument bei Oratorien- und Kantatenaufführungen, in verschiedenartigen Kammermusiken und zur Begleitung der Chöre im Gottesdienst.